BAISA contará en su estructura con una Cámara Arbitral con el objeto de resolver, a solicitud de parte y en calidad de árbitro en equidad, las controversias que surjan con motivo de divergencias contractuales relativas a precios, pesos, bonificación o rebajas por calidad, características, fechas o lugares de recibo o entrega, demora y otros que planteen los socios de la Bolsa y los terceros que registren contratos a través de los Puestos de bolsa,comprometiéndose las partes a acatar sus fallos y resoluciones.

Los reglamentos disponen que los miembros de este órgano y el número de los mismos sean designados, confirmados o removidos por la Asamblea General de Accionistas, que en su mayoría serán versados en material mercantil y se mantendrá una equilibrada representatividad y proporcionalidad entre vendedores, compradores y los Puestos de Bolsa. A la Cámara Arbitral le corresponde, conjuntamente con la Gerencia y la Junta Directiva, establecer las normas de calidad que serán utilizadas en las transacciones comerciales.

Para ello se evaluarán las normas existentes en el país, así como las internacionales en los productos que ya existan. También podrá establecer sus propias normas, a falta de las oficiales o cuando éstas sean deficientes, con el propósito de facilitar y flexibilizar el comercio, estableciendo rangos de tolerancia sobre los cuales se aplicarán bonificaciones o penalizaciones.